磁性編碼器也還是有著一些特定缺點的。例如:容易受到電磁干擾、需要采取補償和保護措施避免溫度漂移…

而這其中最主要的，就是它(相對光學編碼器較低)的精度和分辨率了。目前，一般的磁性編碼器可以達到單圈 13 位的分辨率，盡管某廠家在這方面已經能夠實現單圈 17 位的分辨率了，但這也只不過是光學編碼器已經達到的比較普通的級別而已。所以，現在的磁性編碼器比較適合的應用場景，或許是一些比較通用的位置和速度檢測環節，而并非是那些高性能的傳動和運動控制系統，尤其是傳動控制環反饋。

磁性編碼器另一個經常被大家詬病的缺點，就是其較慢的響應速度，不能勝任高速運動負載的位置反饋，加上它(相對光學編碼器)較低的精度和分辨率，磁性編碼器一直被認為不太適合作為伺服電機內的集成位置反饋元件;此外，作為伺服編碼器，還有一個必須要解決的問題，就是多圈位置反饋